Στην έντονη μεταηφαιστειακή υδροθερμική δράση στο έδαφος της Μήλου οφείλεται η ύπαρξη πολλών θερμών πηγών, με πολύτιμα συστατικά για θεραπεία πολλών παθήσεων. Τα ιαματικά λουτρά του νησιού ήταν γνωστά από την αρχαιότητα. Ο Ιπποκράτης το αναφέρει στο Ε΄ βιβλίο του Περί Επιδημιών. Αναφορά σε αυτά κάνει πολύ αργότερα, το 1717 και ο γάλλος καθηγητής της Βοτανικής pitton de Tournefort στα περιηγητικάτου κείμενα. Σήμερα, λίγες πηγές χρησιμοποιούνται και αυτές είναι ελάχιστα αξιοποιημένες. Οι πιο γνωστές είναι τα χλωριονατριούχα λουτρά του Λάκκου που βρίσκονται σε μια φυσική σπηλιά κοντά στο λιμάνι του Αδάμαντα.Εκεί έχουν σκαλιστεί θάλαμοι με μπανιέρες, από όπου αναβλυζει το νερό.Εκτός από το χλωριούχο νάτριο το νερό περιέχει πυριτικό οξύ και ιόντα νιτρωδών ενώσεων με σίδηρο. Η θερμοκρασία των νερών φτάνει στους 39-41 βαθμούς, ανάλογα με τη στάθμη της θάλασσας και τον καιρό. Η πηγή αυτή είναι κατάλληλη για δερματικά νοσήματα ,αρθριτικά,ραχιτισμό,ισχιαλγία,αδενοπάθεια,χρόνια ρινίτιδα κ.ά. Μία ακόμα αξιόλογη ιαματική πηγή είναι τα λουτρά του Κάναβα. Τα νερά βγαίνουν στην αμμούδια και χύνονται στην θάλασσα , νοτιοδυτικά του εργοστασίου της Δ.Ε.Η. Εκεί, το καυτό νερό είναι γεμάτο άλατα, που ιριδίζουν στο φως της ημέρας. Από την ίδια πηγή προέρχονται και οι ατμίδες που βγαίνουν λίγα μέτρα πιο πέρα μέσα στην θάλασσα ζεσταινοντάς την. Τα νερά αυτά λέγεται ότι θεραπεύουν αρθριτικά.Τέλος, υπάρχουν τα λουτρά του Μακρινού στον Αδάμαντα , η Πικροπηγή στα Μαντράκια , τα λουτρά του Προβατά και τα λουτρά της Αλυκής.